兒童外科部包括:

兒童一般外科、兒童骨科、兒童整形外科、兒童泌尿科、兒童牙科、兒童眼科、兒童放射科、兒童麻醉科以及兒童病理科等,另外兒童心臟外科、兒童神經外科、兒童耳鼻喉科以及兒童皮膚科等單位因業務量之關係,暫隸屬於原醫療科部。

兒童外科系均設有專職專責之醫師配合業務,並定期舉辦醫療業務及品質討論會議,透過各類交流平台與資訊系統,可即時交換並溝通意見。

兒童醫院內、外科醫師會診及團隊照護機制完備,各項醫療儀器設備齊全且人才優秀,可提供全球各地兒童之急重症醫療服務。

兒童外科 ( pediatric surgery ) 是一個涵蓋新生兒至 18 歲青少年特別設立的科別,雖是現屬外科的分支,但由於新生兒至兒童的階段,無論在解剖、生理、 病理、藥理及各方面都與成年人不同,許多常見於成人的疾病如動脈硬化、代謝症候群 高血壓、糖尿病、結石、胃癌和大腸癌等,少見於此年齡群。相對的,嬰幼兒階段也有一些特殊疾病少見於成人,如隱睪、腸套疊、嬰兒性幽門肥厚、膽道閉鎖、小腸閉鎖、無肛症、巨結腸症、肝母細胞瘤及先天性畸形等疾病。因此,兒童外科有其獨立的特色。

兒童外科部為給予中部地區的孩童更先進的照護,對於一些有益孩童的微創手術(包含腹腔鏡、胸腔鏡、及達文西機器手臂手術等)及多器官移植手術(肝、腎、小腸等器官移植)也列為近年發展之重點。