我們於 1997 年 12 月 1 日正式將加護病房區劃成為 30 床的新生兒加護病房 (NICU) 及 18 床的小兒加護病房 (PICU)。此外，我們也設有 60 床的病嬰室 (SBR)，用以收冶中重度的新生兒與早產兒。
新生兒醫療的重心，在新生兒加護病房 (Neonatal Intensive Care Unit, NICU )，是高度發達的近代醫療之一。NICU 住院病人中，又以早產兒最多，約佔 80~90 %。本院新生兒科從 1991-2011 之 20 年來，治療了無數的重症新生兒及早產兒；尤其是最難治療的出生體重小於 1,000 公克的超小早產兒就超過 800 多位。
本院新生兒科，是全國 5 家早產兒醫療訓練中心之一 (中部唯一) 。我們的醫療成績，在國內處於領先地位：出生體重 <1,500 公克的存活率 98% ，<1,000 公克的存活率 83% ，500-750 公克的存活率 63% ，皆符合國際醫療水準的表現。
我們也締造了不少優異治療佳績，例如：1997 年，懷孕 23 週、出生體重 530 公克健全存活；1999 年，四胞胎超小早產兒健全存活；2010 年，懷孕 24 週、出生體重 420 公克全國最小早產兒健全存活。新生兒醫療團隊在 2005 及 2010 年兩度獲頒國家生技醫療品質獎。
教學研究
1997~2011 年期間，在國內外醫學期刊、醫學會發表 200 多篇醫學論文。
這 15 年來我們也培育了許多優秀的醫護人材，其中有的已擔任本院護理部督導、NICU 護理長及小組長。已離職的許多優秀護理人員，轉往其他醫院的 NICU 繼續承擔重任。
在此培養 12 位新生兒科專科醫師，其中 3 位仍是本院 NICU 的專責主治醫師。團隊的成員包括 : 邱曉郁、黃富槻、蔡明倫等 3 位專責主治醫師、NICU 主任林湘瑜、新生兒科主任林鴻志、兒童醫院副院長蘇百弘。
本院新生兒科在 1997 年，領先國內，引進這個療法，針對嚴重的新生兒持續肺高壓症，給予最有效的治療。
這是針對嚴重的新生兒呼吸困難的一種高級呼吸治療方法，本院在這方面經驗豐富、治療成績優異。
這是針對嚴重的新生兒窒息、缺血缺氧腦症 (HIE) 的最先端治療方法, 也是目前醫學上唯一被證實對HIE 有效的治療方法。本院在 2011 年引進最新裝備，是中台灣的低溫治療中心。 本院之早產兒慢性肺疾病發生率很低、為全國最好的新生兒醫療中心之一。
發展使用幹細胞 (Stem cells)，治療早產兒慢性肺疾病及腦性痲痺，也屬先端醫療技術。
給與早產兒早期積極的營養治療 (Early aggressive nutrition) 以促進早產兒之身體成長與神經發育。
本科提供 24 小時的外接服務，救護車配有新式轉運保溫箱、呼吸器、心跳監測器等先進儀器，可保障早產兒及急重症新生兒的生命安全。
